Pixel Tactics est un jeu de combat tactique en direct pour deux joueurs. Chaque joueur a un jeu identique de 25 cartes, à partir duquel il élabore un chef.
Les capacités du chef changent considérablement la stratégie et la jouabilité de toutes les autres cartes du jeu, rendant le jeu jouable de 25 façons différentes.
Dans Dans le jeu, les joueurs placent à tour de rôle les cartes et les attaquent. Chaque carte peut être activée de différentes manières, en prenant des capacités offensives dans les premières lignes de l'unité ou en prenant en charge des pouvoirs dans les dernières lignes. Les cartes peuvent également être jouées sous forme d'ordres – de puissants effets uniques pouvant inverser le cours des combats.
Le jeu se poursuit jusqu'à ce que le chef de l'un des deux joueurs soit vaincu. Un jeu typique est le meilleur des trois ou cinq tours.
Pixel Tactics se déroule dans le même monde et utilise de nombreux personnages de BattleCON: War of Indines des jeux de niveau 99, mais son jeu est totalement indépendant.