Dans Nuns on the Run, la plupart des joueurs sont des novices désireux d’explorer secrètement la grande abbaye de nuit afin de réaliser leur "souhait secret". Ils se faufilent dans les couloirs à la recherche de clés et de trésors. (Quels trésors un novice pourrait-il rechercher? Des biscuits interdits? Un matelas moelleux? Ou des stupéfiants? Ou un livre de sorcellerie?)
Tout en se faufilant dans l'abbaye, les novices doivent rester vigilants envers l'abbesse ou la prieure qui sont sur patrouille pour s'assurer que les novices purs restent ainsi. Ces personnages sont contrôlés par d'autres joueurs qui veulent choper les novices avant de pouvoir retourner au lit.
Les joueurs jouent soit en tant que novice, soit en tant qu'abbesse ou prieure. Les novices se déplacent en secret et évitent d'être vus ou entendus par l'abbesse ou la prieure. Le but est de se rendre sur le tableau où la novice peut obtenir son "souhait secret" et regagner sa chambre sans être détectée.
Tous les novices se déplacent en secret en marquant leur mouvement et leur emplacement sur des feuilles cachées. . L'abbesse et la prieure suivent des chemins réglementés autour du tableau, mais peuvent diverger et poursuivre les novices qu'elles voient ou entendent. Le ou les joueurs qui réalisent leurs souhaits secrets et regagnent leur chambre gagnent, ou l'abbesse et la prieure gagnent s'ils attrapent un certain nombre de novices.